Fakultas Sains dan Teknologi (FST) UIN Ar-Raniry Banda Aceh didirikan melalui proses panjang sejak tahun 1980-an, dimulai dengan pembentukan jurusan Tadris Matematika dan Tadris Ilmu Alam. Pada tahun 1998, terjadi pemekaran menjadi Tadris Kimia, Tadris Fisika, dan Tadris Biologi sebagai persiapan perubahan status menjadi UIN. Fakultas ini secara resmi berdiri pada 18 Juni 2014 berdasarkan PMA Nomor 12 Tahun 2014.

Pada awalnya, FST membuka 4 program studi, yaitu Arsitektur, Teknik Lingkungan, Biologi, dan Kimia. Selanjutnya, ditambah Program Studi Teknologi Informasi pada 2018 dan Teknik Fisika pada 2022. Saat ini, FST dipimpin oleh Dekan Dr. Ir. Muhammad Dirhamsyah, M.T., IPU, bersama tiga wakil dekan.